黑龙江省医院南岗院区座落在哈尔滨市南岗区果戈里大街，医院总建筑面积40000平方米，设有住院部、门诊部。医院设有心内一科、心内二科、神经内一科、神经内二科、呼吸内科、内分泌科、泌尿外科、普外科、脑外科、骨外科、周围血管病科、妇科、整形外科、医学美容科、眼科、耳鼻喉科等科室，皮肤性病科通过国家CDC验收，成为我省首家规范化性病示范门诊，担负着黑龙江省急重症抢救任务的黑龙江省急重症抢救中心也座落在南岗院区。

2011年又成立了归属于急救中心的综合性ICU---重症医学科，实现了由普通的急诊模式向急诊与危重症医学兼顾，以危重症医学为主的模式转换。医院还设立了患者服务中心，急重症及行动不便的病人可无偿使用轮椅、平车，护嫂全程陪检，为您提供温馨服务。院前急救电话24小时对外开放，急救中心的医生通过急诊绿色通道曾无数次挽救了患者的生命，使他们重新扬起生命的航帆。

南岗院区拥有大批先进的设备，如医学影像科的开放式低场核磁共振（MRI）、数字减影血管造影机（DSA）、16层螺旋CT、计算机X线摄影（CR）、高智能型乳腺机、500mA胃肠机、500mA及200mA大型X光机；眼科的Humphrey—750型自动视野计和青光眼早期诊断仪；德国蔡氏显微镜、FF450眼底照相机及图像处理系统、眼前、后节激光治疗机；周围血管病科的血管内超声溶栓设备；泌尿外科的腔镜系统如经皮肾镜、输尿管镜、前列腺气化电切镜以及钬激光、绿激光和瑞士最新EMS四代超声弹道带吸引碎石系统。口腔科拥有13台先进的牙科综合治疗台及其他先进的配套设备，如日本森田X光摄影系统、法国赛特力超声波洁牙机以及完善的消毒灭菌装置；急重症抢救中心拥有惠普心脏监护仪、脑电监护仪、昏迷深度监护仪、无创血液动力学监护仪、有创血液动力学监护仪、呼吸末二氧化碳监护仪、进口高档呼吸机12台以及德国血液净化仪（具有人工肾、人工肝的功能）、日本心肺辅助仪（具有人工心肺的功能）；东芝B超机；纤维支气管镜、心脏临时起搏器等仪器设备。医院拥有环境温馨的门诊及住院病房、配备了物流传输系统、计算机管理系统、中央空调、中央监控、中心供氧、中心吸引和呼叫系统。