医院始建于1950年3月的怀化县人民政府卫生院，1956年更名为怀化县人民医院；1983年更名为怀化市人民医院；1994年通过评审成为二甲医院；1998年升格为怀化市第三人民医院、怀化卫校附属医院；2000年确定为怀化医专附属医院；2005年经省卫生厅同意设置为三级医院；2015年10月经省人民政府批准，更名为湖南医药学院第一附属医院；2017年11月晋升三级甲等医院。

拥有心血管内科、呼吸内科、护理学3个省级临床重点学科。是国家住院医师规范化培训基地、国家Ⅰ期药物临床试验中心、中国创伤救治联盟高级创伤中心、国家肺癌防治联盟肺结节诊治分中心、中西医结合博士后科研流动站、博士后创新创业实践基地、湖南省慢阻肺同质化培训基地、湖南省个体化给药咨询怀化分中心、湖南省呼吸与危重病临床医疗示范基地、湖南省多发重症创伤救治临床医疗示范基地、湖南省心肌损伤治疗临床医疗示范基地、湖南省创伤中心、湖南省胸痛中心、湖南省卒中联盟、急性肺损伤预防与干预市级重点实验室。拥有23个市级重点专科，是10个市级专业质量控制中心挂靠单位，12个市级专业委员会主任委员挂靠单位。

是湖南省继湘雅医院后第二家通过国家认证的医院VTE防治达标单位，是湖南省5个移动救援救治中心之一、湖南省3个空中救援中心之一。配置了专业的“移动重症监护与救护车”，配备移动车载CT，ECMO，车载电动手术平台、快速血气分析、心脏除颤起搏监护、便携式电凝刀、可视喉镜、电动心肺复苏机、呼吸机、旁边彩超等设备，拥有直升机转运平台并开展湖南省首家ECMO辅助下空中转运业务。依托“幸福呼吸”项目，通过慢性阻塞性肺疾病筛查，形成了一套具有特色的县治、乡管、村访的标准化管理模式；作为湖南省健康扶贫慢性阻塞性肺病分级诊疗同质化培训的唯一基地，依托“慢阻肺早期筛查、防治及呼吸健康管理的物联网技术研究与推广”这一国家重大专项实施，2019年获“幸福呼吸”中国慢阻肺分级诊疗项目突出贡献奖。