福建医科大学附属第二医院、第二临床医学院是泉州地区现代医学的发祥地，是我省主要的医疗、教学、科研基地之一，是福建省首批通过卫生部评审的四家三级甲等综合性医院之一，是博士、硕士研究生学位授权点单位。医院始建于1881年，为英国教会医院，原名“惠世医院”，解放后，改为晋江专区第二医院。1973年升格为福建医科大学附属第二医院。2000年成为福建医科大学第二临床医学院，2002年成为福建医学会风湿病学分会主任委员单位,2012年成为福建医学会变态反应学分会主任委员单位。

医院病床编制1470张，设有鲤城和东海两个院区，鲤城院区占地24.57亩，目前开放病床1135张;在建的东海院区占地142.6亩，规划床位1000 张。此外还设有非行政隶属分院石狮市医院和晋江市医院。目前医院有在编人员1247人，合同制人员614人，高级职务人员265人，其中正教授22人、副教授93人，有卫生部有突出贡献中青年专家1人、国务院特殊津贴专家5人、全省百千万人才6人、全省卫生系统跨世纪学术和技术学科带头人19人、福建医科大学学科带头人10人，兼任国家、省、市专业学会主任委员10人，各专业学会副主任委员(副会长)44人、常务委员(常务理事)83人、委员(理事)181人，有博硕士281人。

“博大精深 仁心惠世”为百年老院的当代院训，医院将全面贯彻落实科学发展观，继续发挥人才优势，发扬良好的医德医风，以病人为中心，努力提高医疗服务质量，践行“救死扶伤”和“教书育人”的双使命，为人民群众的生命健康保驾护航，为海峡西岸经济区建设服务。

医院拥有核磁共振成像系统(MRI)、数字减影血管造影机(DSA)、双源CT、数字化胃肠造影机、流式细胞仪、PCR仪、彩色多普勒超声心动图、腹部彩色超声波、血液透析机、体外循环机、电子直线加速器、数字高频摄片机、骨密度仪、乳腺钼靶、体外震波碎石机、神经电生理检查仪、电子胃镜、电子肠镜、电子支气管镜等先进仪器设备。