厦门市第三医院的前身是同安医院，始创于1920年12月，2003年12月正式更名为厦门市第三医院，2006年9月26日，成为福建省中医药大学临床教学医院，2012年5月经省卫生厅、教育厅批准，成为福建省中医药大学第四临床医学院、福建中医药大学附属厦门第三医院，2019年7月6日，成为复旦大学附属中山医院厦门医院医疗协作医院，是岛外一所集医疗、教学、科研、预防保健为一体的大型三级乙等综合性医院、国家级爱婴医院、“省级文明医院”、福建医科大学、福建中医药大学临床教学医院、福建省临床住院医师规范化培训基地、于金明院士平台协助医院。

厦门市第三医院编制床位1000张，占地面积140亩，建筑面积12.8万平方米，内设15个党政后勤管理机构，38个业务科室，现有职工1515人，其中高级职称251人，中级职称477人，博士、硕士研究生105人。2019年门、急诊量95.6万人次，年收住院病人4.3万人次，年手术量1.1万人次。厦门市第三医院拥有德国西门子3.0T超导核磁共振机、64排螺旋CT 、复合手术室[西门子数字血管造影机(DSA）]、1000毫安数字胃肠机、数字DR拍片机、体外循环机、直线加速器等一批先进设备，以及百级净化手术室和国内一流抢救技术水平的ICU重症监护室。