昆明市第三人民医院成立于1954年，前身为“昆明市传染病医院”,1986年更名为昆明市第三人民医院，2002年与“昆明市结核病防治院”合并，成为西南地区规模最大的传染病专科医院，2016年3月通过“三级甲等传染病专科医院”评审，是“云南省传染性疾病诊疗质量控制中心”和“昆明市传染性疾病医疗质量控制中心”，是昆明市政府举办的以传染性疾病诊治为重点，集医疗、教学、科研、社区卫生服务为一体的大型综合性传染病专科医院。医院是大理大学第六附属医院、昆明医科大学临床教学医院。

医院分为吴井、长坡两个院区，现有职工1099名，其中具备硕博学历的118人，高级职称138人，硕导10人，编制床位1200张，设有中西医结合结核病科、耐药与重症结核病科、综合结核病科、介入结核科、结核病临床检验中心、肝病综合科、肝病介入科、肝病免疫科、肝病消化科、性病与艾滋病科、感染性疾病及儿童传染科、重症医学科、关怀科、肿瘤科、骨科、普外科、胸外科、妇产科、麻醉科、呼吸科、心内科、内分泌科、老年肺病科、老年心脑血管疾病科、血液净化中心、介入导管室、预防保健与慢病管理中心、检验科、医学影像科、超声功能科、药学部、营养科等32个临床及11个医技辅助科室。

致力于建设国内一流的综合性传染病医院，为病友提供方便周到的人性化服务。医院业务范围辐射全省、周边省份和东南亚国家，近年来与美国斯坦福大学、瑞典隆德大学及泰国宋卡王子大学、越南国立肺科医院、柬埔寨马德望省立医院、印度尼西亚廖亚大学、缅甸卫生部国家结核项目办、老挝友谊医院等东南亚一带一路国家的专业机构开展了广泛的学术和技术交流，随着专业细分及学科交叉的不断深入，逐步形成了“精专科、强综合”的格局。

近年来医院在科研创新方面成果显著：获得国家自然科学基金立项1项，云南省部级立项24项，昆明市级立项108项，昆明市引智项目立项7项，区级项目3项；获云南省科技进步二等奖1项、三等奖1项，云南省卫生科技成果二等奖2项、三等奖7项，昆明市科技进步二等奖2项、三等奖1项，官渡区科技进步三等奖2项。